Migren hastalığının temelinde birçok nedeni olabilir. Hormonel nedenler, şekerle ilgili problemler, hipoglisemik ataklar gibi durumlar migreni tetikleyebilir. Bunun yanında diş ile ilgili problemler de migreni tetikleyebilir. Alerjik problemler bile migren rahatsızlığını tetikleyebilir. Migren hastalığında alttaki nedenler ortaya çıkarılmamışsa bile zaman zaman acaba bunlardan kaynaklanıyor olabilir mi diye düşünerek hormonel tahlillerin, alerjik tahlillerin veya metabolik tahlillerin şeker, kolesterol, karaciğer, böbrek testleri gibi tahlillerin tekrarlanması önem taşır. Bazen migrenin altında hiç beklemediğimiz bir hormonel problem çıkabiliyor. Örneğin genç kızlarda migrenin en önemli nedenlerinden bir tanesi luteal faz yetmezliği yani progesteron eksikliğidir. Sadece bir progesteron desteğiyle bile migrenin çözülmesi mümkün olabiliyor. Migrende mutlaka bu nedenler araştırılmalı ve belli dönemlerde hekim kontrolü yapılmalıdır.