Otoimmun hastalığı olan kişilerde sindirim sistemi oldukça önemli bir yere sahiptir. Çünkü hastalığın semptomlarında bağırsaklardaki disbiyozis durumu çok önemlidir. Bağırsaklardaki aşırı geçirgenliği azaltmak ve vücuttaki inflamasyonu en aza indirgemek için beslenmemenize dikkat etmeliyiz. Bu yüzden diyetimizde bazı gıda gruplarına yer vermeliyiz. Örneğin et, kemik suları gibi kolajen içerikli gıdalar bağırsaklarımızdaki disbiyozisi azaltmaya yardımcı olmaktadır. Onun haricinde ev yapımı elma sirkesi, sirkelerden yapılmış ev yapımı turşular yine bağırsak geçirgenliğini azaltmaya yardımcı olur. Ayrıca bazı yağ grupları da bağırsaklardaki geçirgenliği azaltır. Örneğin hindistan cevizi yağı vücuttaki inflamasyonun azalmasına yardımcı olarak bağırsaklardaki disbiyozisi en aza indirger. Otoimmun atakları önlemek için bu gıda gruplarına diyetlerimizde yer vermemiz gerekmektedir. Ayrıca kefir, iyi fermente edilmiş gıdalar, kombu çayı, soğan, sarımsak gibi prebiyotik içerikli gıdalara da yer vermeli, hastaların vitamin mineral eksikliğine göre doktor kontrolünde takviye yapılması gerekmektedir.